Laporan Kinerja Sekretariat Jenderal Kementerian Pendidikan Tinggi, Sains, dan Teknologi Tahun 2025 merupakan bentuk pertanggungjawaban atas pelaksanaan kinerja dan pengelolaan anggaran pada tahun pertama Kemdiktisaintek berdiri sebagai kementerian mandiri setelah berpisah dari Kemendikbudristek. Dalam struktur baru tersebut, Sekretariat Jenderal berperan mendukung administrasi, mengoordinasikan kebijakan strategis, serta memastikan transisi kelembagaan dan pelaksanaan kebijakan kementerian berjalan dengan baik. Laporan setebal 214 halaman ini terdiri atas empat bab yang membahas profil dan peran organisasi, perencanaan kinerja, akuntabilitas kinerja, serta penutup. Pembahasannya mencakup capaian indikator kinerja, realisasi anggaran, inovasi, penghargaan, dan program kolaboratif, yang dilengkapi dengan dokumen pendukung pada bagian lampiran. Pada 2025, Sekretariat Jenderal menetapkan dua sasaran program dengan 14 indikator kinerja program (IKP). Rata-rata capaian seluruh indikator mencapai 117,06%, dengan delapan indikator melampaui target, lima mencapai target, dan satu belum tercapai. Indikator yang belum memenuhi target adalah rasio APK perguruan tinggi antara kelompok 20% keluarga termiskin dan 20% terkaya, dengan realisasi 0,31 dari target 0,46 (67,39%). Sementara itu, pada aspek tata kelola, persentase kerja sama yang ditindaklanjuti mencapai 59,73% dari target 50%, Indeks Kepuasan Masyarakat sebesar 87,61 dari target 87, dan opini Wajar Tanpa Pengecualian (WTP) dari BPK RI berhasil dipertahankan. Empat indikator, yaitu Indeks Tata Kelola Pengadaan, Indeks Reformasi Hukum, Nilai Hasil Pengawasan Kearsipan, dan kategori evaluasi kinerja anggaran, bahkan mencapai 150%. Dari total pagu anggaran sebesar Rp15,729 triliun, realisasi berdasarkan laporan keuangan yang belum diaudit mencapai Rp15,718 triliun atau 99,93%. Terdapat anggaran yang masih diblokir sebesar Rp3,716 miliar dan tidak dapat dibuka sehingga tidak diperhitungkan sebagai realisasi. Dalam pelaksanaannya, Sekretariat Jenderal menghadapi enam tantangan utama, yaitu transisi kelembagaan, ketidakpastian anggaran akibat kebijakan efisiensi berdasarkan Inpres Nomor 1 Tahun 2024, kesenjangan kapasitas aparatur, fragmentasi data dan risiko keamanan siber dalam transformasi SPBE, belum tersedianya dokumen strategis induk seperti Arsitektur dan Peta Rencana SPBE serta Renstra Kementerian, dan potensi terganggunya layanan publik. Untuk mengatasi tantangan tersebut, langkah yang dilakukan meliputi penyesuaian prioritas kegiatan, optimalisasi metode kerja hibrida, harmonisasi regulasi internal, penyusunan Arsitektur SPBE dan Peta Rencana 2025 - 2029, peningkatan kapasitas aparatur melalui bimbingan teknis, pemulihan dan sinkronisasi data, serta penyelarasan kebutuhan ASN dengan penguatan Sistem Merit.